江户时期,异星人突袭地球,地球人和异星人之间爆发了战斗,众多的武士都来参与这一场战斗,幕府认识到异星人具有极为强大的实力,幕府甚至将所有武士的刀夺走了,自此幕府成为傀儡政权
在外星一族降临到地球之后,人类一度变成了二等公民,而三个曾经引起反抗外星人的伙伴们,在岁月的流逝之后,也有着不同的境遇。坂田银时每天晃晃悠悠的,不做什么正经事务,成立了自己的万事屋,什么业务都接。桂小太郎则继续组织着对抗异族的力量,延续着和异族的抗争。高杉晋助却对这个世界充满着憎恨,为了将这个世界毁灭,几乎不择手段。突然出现的妖刀“红樱”杀人的事件,把这三个曾经并肩战斗过的伙伴再次联系在了一起。