故事围绕着雨果和他的父亲大山展开。他们生活在一个普通的小村庄，然而，雨果曾经踏足一个神奇之地，那便是神秘世界。这是一个与人类世界平行存在的神奇空间，但是普通人进入后，只有三天的时间就会变成动物。传说中，这个神奇的世界是由神创造的，每年都会有99只动物被选中来到这里，成为族民，而这里的族长是一只奇怪的动物，名叫啦啦，也是雨果最亲密的朋友。

然而，雨果自从记事以来就一直没有见过自己的妈妈。大山告诉雨果，妈妈一直在外面从事科考工作。雨果非常想念妈妈，于是经常给她写信。然而，有一天，雨果发现她写给妈妈的信并没有寄出去，而是被大山藏了起来。这让雨果产生了疑问，她开始追问妈妈的下落。最终，大山被逼无奈，不得不告诉雨果一个多年来一直埋藏在心底的秘密：原来，雨果的妈妈也曾经发现过神秘世界。

为了寻找妈妈的下落，雨果和大山再次踏上了神秘世界的冒险之旅。雨果的出现给神秘世界带来了惊喜，她与这里的好朋友们再次相聚，而族长啦啦的法术更是有了长足的进步，熊大叔则默默地爱上了原住民首领兰，她不仅拥有出色的美貌，还精通武艺。

然而，正当好朋友们陶醉在重逢的欢乐时，一只疯疯癫癫的企鹅出现，它带来了一个可怕的消息：神秘世界即将面临毁灭，因为一只恶龙已经闯入神的领地。为了拯救这个神秘的世界，雨果和她的伙伴们将面临一场前所未有的挑战。